En 1200, de retour de Castille, Aliénor décide, à plus de 80 ans, de se retirer de manière quasiment définitive à Fontevraud. Elle meurt quatre ans plus tard, le 1^er avril 1204 à Poitiers, et est enterrée aux côtés de son mari, de son fils Richard et de sa fille Jeanne. Après la mort d'Aliénor, ses fils et petit-fils continuent de considérer l'abbaye comme une nécropole familiale. En 1250, Raymond, comte de Toulouse et fils de Jeanne, est enterré à sa demande auprès de sa mère. En 1254, Henri III, fils de Jean, organise le transfert de la dépouille de sa mère Isabelle d'Angoulême, alors enterrée en Angoumois à l'abbaye Notre-Dame de La Couronne, jusqu'à Fontevraud. Son cœur y est déposé à sa mort.