Le cormoran africain ne se reproduit qu'à l'âge de trois ou quatre ans. 

Il installe son nid à plusieurs mètres de hauteur, 

dans un arbre en aplomb au dessus de l'eau. 

C'est un nid de 25 centimètres de diamètre, il est plat et guère épais

(2 à 4 cm d'épaisseur), composé de petites branches et de végétations diverses. 

La femelle pond de 2 à 6 œufs teintés de bleu et vert pâle.