La baie de l’Aiguillon a été classée en réserve naturelle le 9 juillet 1966 pour sa partie vendéenne et le 2 juillet 1999 pour sa partie charentaise.

Cette protection se justifie par son intérêt pour la migration et l’hivernage de nombreux oiseaux mais aussi par la présence d’habitats menacés comme les prés salés atlantiques (appelés localement mizottes). Ces habitats représentent 10% de la surface des prés salés français.

De nombreuses espèces d’oiseaux ont leurs cycles biologiques en plusieurs phases. Ils ont un site de reproduction et un site d’hivernage, le parcours entre les deux étant formé de migration prénuptiale et post-nuptiale.

La Barge à queue noire Limosa limosa hivernante en baie de l’Aiguillon est présente de septembre à février. Elle rejoint ensuite son site de nidification situé dans le nord de l’Europe (notamment en Islande).

La baie de l’Aiguillon accueille plusieurs milliers de Tadornes de Belon Tadorna tadorna en hivernage. Cette espèce rejoint ces quartiers nuptiaux situés plus au nord. Néanmoins quelques couples se reproduisent également sur le site.

Le Courlis corlieu Numenius phaeopus peut être observé en avril et en mai lors de sa migration prénuptiale et de juillet en septembre lors de sa migration post nuptiale.

Il hiverne en Afrique et nidifie dans le nord de l’Europe (Islande, Scandinavie, Sibérie).

La pointe de l’Aiguillon est également un site de passage de plusieurs dizaines de milliers de passereaux en migration post nuptiale. On peut ainsi observer, à l’automne des milliers de pinsons des arbres Fringilla coelebs, des Chardonnerets élégants Carduelis carduelis, d’hirondelles rustiques Hirundo rustica.