Les deux vitraux, réalisés au moment de la construction de la chapelle, ont été restaurés récemment. Chaque année, des bénédictions nuptiales et des baptêmes y sont célébrés. Le premier sacrement du mariage inscrit sur le registre de Notre-Dame-de-Cordouan...
Au second étage, la chapelle, qui est la pièce la plus majestueuse du phare. Elle est surmontée d'une voûte percée de huit baies richement ornées et pavée du même marbre que l'appartement du Roi et que la Salle des Girondins.