C'est en 1427 qu’apparaît pour la première fois, un grand orgue en la cathédrale Saint-André.
Ainsi, un chroniqueur anglais, Andrew Boorde de passage à Bordeaux en 1535 écrit :
"Dans la cathédrale Saint-André se trouves les plus belles et les plus grandes orgues de toute la chrétienté. Ces orgues renferment plusieurs instruments et mécanismes de géants et étoiles qui remuent et font mouvoir leurs mâchoires, et leurs yeux aussi vite que joue l'organiste"
Plusieurs instruments se sont succédés au cours des siècles.
L'instrument actuel de 6000 tuyaux répartis en 76 jeux et quatre claviers,
construit par la maison Danion-Gonzales, a été inauguré le 1er octobre 1982.
Le buffet du XVIIIème siècle, provient de l'église des bénédictins de La Réole.